En fonction publique territoriale, un arrêt maladie ordinaire coûte un jour de rémunération dès le départ. Le premier jour n’est jamais payé par la collectivité, le maintien de salaire ne débutant qu’au deuxième jour d’absence. Cette retenue mécanique soulève souvent des doutes sur l’assiette réelle prélevée et sur les dérogations légales applicables.
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L’essentiel en 30 secondes
En FPT, le premier jour de congé de maladie ordinaire n’est pas rémunéré et entraîne une retenue d’un trentième sur le traitement et les primes de fonction.
application systématique d’un jour non payé lors de chaque congé maladie ordinaire, avec maintien du traitement dès le deuxième jour.
retrait d’un trentième calculé sur le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, la NBI et les primes de fonctions liées au poste.
aucune retenue en cas de prolongation médicale sous 48 heures, d’arrêts successifs pour une même ALD, de maternité ou d’accident de service.
règle obligatoire pour les fonctionnaires stagiaires, titulaires et contractuels de droit public dès quatre mois de services.
Jour de carence en FPT : qui est concerné, ce qui est retenu le 1er jour et comment lire l’impact sur la paie
Dans les collectivités locales, lorsqu’un agent est placé en congé de maladie ordinaire, un jour de carence est appliqué lors de chaque arrêt de travail, une règle d’ailleurs maintenue par la réforme 2025 des arrêts maladie. Cette journée d’absence initiale ne fait l’objet d’aucune rémunération par l’employeur territorial.
Selon l’article 115 de la loi n° 2017-1837, les agents publics ne bénéficient du maintien de leur traitement ou du versement de prestations qu’à compter du deuxième jour de leur congé. Il s’agit d’une mesure législative obligatoire, ce qui interdit formellement à une collectivité de voter une délibération pour y déroger.
La règle d’or impose 1 jour de carence par arrêt maladie ordinaire, sauf dans les situations d’exonérations expressément prévues par la loi.
Le dispositif vise l’ensemble des fonctionnaires titulaires et stagiaires, qu’ils soient affiliés à la CNRACL ou à l’IRCANTEC. Les agents contractuels de droit public comptant au moins 4 mois d’ancienneté y sont également soumis lors du maintien de leur traitement.
Les agents sous contrat de droit privé comme les apprentis ou les contrats aidés échappent à ce texte et relèvent des règles du code du travail. Les assistants maternels et familiaux, tout comme les agents contractuels ayant moins de 4 mois de service, ne perçoivent pas de maintien employeur et dépendent des indemnités journalières de la Sécurité sociale versées après 3 jours de carence.
Sur votre fiche de paie, la retenue ne doit pas passer inaperçue. Selon la circulaire du 15 février 2018, le bulletin de salaire doit mentionner explicitement la date exacte de l’absence ainsi que le montant prélevé, avec un décompte spécifique pour chaque journée concernée.
Assiette de la retenue : ce qui est suspendu et ce qui est maintenu
La retenue financière ne porte pas uniquement sur le traitement indiciaire brut. Elle englobe les primes et indemnités directement attachées à l’exercice effectif des fonctions au sein du service.
| Éléments de paie | Fonctionnaire titulaire / stagiaire FPT | Contractuel de droit public FPT |
|---|---|---|
| Traitement indiciaire brut / rémunération principale | Retenu | Retenu |
| Régime indemnitaire lié aux fonctions (IFSE, IAT, etc.) | Retenu | Retenu |
| Indemnité de résidence | Retenue | Retenue |
| Nouvelle bonification indiciaire (NBI) | Retenue | Non applicable |
Plusieurs accessoires de salaire restent intégralement protégés et continuent d’être versés au premier jour de congé de maladie. L’agent conserve le supplément familial de traitement, les remboursements de frais engagés ainsi que la prise en charge partielle des titres d’abonnement de transport domicile-travail.
Les primes liées au changement de résidence ou à la mobilité géographique demeurent acquises, tout comme les primes liées à l’organisation du travail et les avantages en nature. Les indemnités d’enseignement ou de jury pour service fait, les parts modulables liées aux résultats et les versements occasionnels à fait générateur unique ne subissent aucun abattement.
Dans la pratique de gestion suivie par les centres de gestion, la garantie individuelle du pouvoir d’achat reste hors assiette, tandis que l’indemnité compensatrice de CSG suit le sort du traitement indiciaire. Sur le plan statutaire, ce jour non rémunéré compte comme du temps de service effectif pour l’avancement d’échelon et la retraite, mais ne génère aucune cotisation sociale.
Calcul de la retenue : la règle du trentième en pratique
Le prélèvement financier obéit à une règle arithmétique stricte. L’administration divise la rémunération brute mensuelle soumise à retenue par 30, quelle que soit la durée réelle du mois sur le calendrier.
- Identification de l’assiette brute : additionnez le traitement indiciaire de base et les indemnités liées aux fonctions dues pour le mois.
- Application du 1/30e : divisez le montant total par 30 pour obtenir la valeur financière d’une journée non travaillée.
- Ajustement selon la quotité de travail : pour un agent à temps partiel ou sur un emploi à temps non complet, la retenue est proportionnelle au temps de travail prévu.
Pour un agent territorial percevant 1 600 € de traitement indiciaire et 200 € d’IFSE, l’assiette totale s’élève à 1 800 €. La retenue appliquée correspond à 1 800 € multipliés par 1/30e, soit exactement 60 € bruts retirés sur le salaire.
Si l’agent perçoit 73,79 € de supplément familial de traitement ou 180 € d’heures supplémentaires accomplies avant l’arrêt, ces sommes restent totalement exclues du calcul. La retenue s’opère en priorité sur le bulletin du mois au cours duquel l’arrêt débute, ou sur la paie du mois suivant en cas de transmission tardive.
Quand un agent exerce ses fonctions auprès de plusieurs collectivités sur un temps non complet partagé, le trentième est déduit sur chaque fiche de paie. La retenue frappe l’ensemble des employeurs territoriaux, même celui chez qui aucune heure n’était planifiée lors du premier jour.
Le statut interdit catégoriquement de gommer cette perte financière en posant un jour de congés annuels, une autorisation spéciale d’absence ou une journée de récupération ARTT.
Exonérations : les cas où le jour de carence ne s’applique pas
Le cadre législatif prévoit plusieurs exceptions limitatives permettant d’être rémunéré dès le premier jour d’absence pour raison médicale. Les modalités diffèrent selon la pathologie, la reprise du travail ou la nature des congés accordés.
Prolongation de l’arrêt et ALD
Si vous devez prolonger votre arrêt, aucun nouveau jour non payé n’est décompté si la reprise du travail entre deux congés pour la même affection n’a pas dépassé 48 heures. Cette règle des 48 heures calendaires protège également l’agent en cas de rechute rapide après tentative de reprise ou d’impossibilité matérielle de consulter un médecin durant le week-end.
Concernant les affections de longue durée, la carence ne s’applique qu’une seule fois par période de 3 ans calculée de date à date pour une même pathologie selon le portail Service-Public. Les arrêts maladie successifs rattachés à cette même affection sont rémunérés dès le premier jour.
L’exonération pour ALD vise les affections nécessitant des soins continus ou une interruption de travail supérieure ou égale à 6 mois (article L. 324-1 du code de la sécurité sociale). Le praticien doit obligatoirement cocher la case ALD sur le volet 2 du certificat médical.
Congés spécifiques et situations familiales
Plusieurs positions statutaires et événements familiaux graves bénéficient d’une dispense totale de retenue financière :
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) : les accidents de service, accidents de trajet et maladies professionnelles sont indemnisés sans aucune retenue.
- Congés de longue maladie et de longue durée : les fonctionnaires placés en CLM ou CLD ainsi que les contractuels en congé de grave maladie perçoivent leur rémunération dès le premier jour.
- Grossesse et maternité : aucun jour prélevé pour les arrêts prescrits après la déclaration de grossesse, ni pendant le congé maternité et ses repos pathologiques associés. Cette exonération permet de limiter la perte de revenus lors d’un arrêt maladie avant le congé maternité.
- Arrêts liés à une fausse couche ou IMG : dispense pour interruption spontanée de grossesse avant la 22e semaine d’aménorrhée et pour interruption médicale de grossesse prescrite depuis le 1er juillet 2024.
- Décès d’un enfant : exonération sur le premier congé de maladie survenant dans les 13 semaines suivant le décès d’un enfant ou d’une personne à charge de moins de 25 ans.
- Actes de dévouement public : blessure contractée pour sauver la vie d’autrui ou lors d’une mission d’intérêt public.
Lorsqu’un congé de maladie ordinaire initial fait l’objet d’une requalification rétroactive en CITIS, CLM ou CLD par les instances médicales, la collectivité doit rembourser intégralement le trentième retenu à l’agent.
Vigilance pratique : cases à cocher, bulletin et pièges à éviter
Une bonne gestion administrative de l’arrêt de travail garantit le respect de vos droits et prévient les erreurs de prélèvement sur la paie. L’agent doit s’assurer des mentions portées par le praticien avant l’envoi des documents.
Pour bénéficier d’une dispense lors d’un renouvellement médical, vérifiez impérativement que le praticien a bien coché la case prolongation. Pour une affection longue, la case ALD figurant sur le volet médical n°2 doit être complétée.
Contrôlez les cases cochées sur le certificat, vérifiez la ligne dédiée sur votre bulletin de salaire et demandez le remboursement en cas de requalification de votre arrêt.
Les délais et circuits d’expédition dépendent de votre statut. Les fonctionnaires adressent les volets 2 et 3 à la direction des ressources humaines sous 48 heures en conservant le volet 1. Les agents contractuels envoient le volet 3 à leur collectivité et transmettent les volets 1 et 2 à leur caisse primaire d’assurance maladie.
En cas d’envoi tardif de votre arrêt de travail, la pénalité financière éventuelle ne peut pas se cumuler avec la retenue du premier jour sur la même date. La déduction pour retard ne commence à courir qu’à compter du lendemain de la carence.
Ne confondez pas le jour de carence de l’employeur public avec la carence de 3 jours de la Sécurité sociale. Pour un agent contractuel de plus de 4 mois, l’employeur applique 1 jour non rémunéré, puis verse le traitement dont il déduit les indemnités journalières versées par la CPAM à partir du 4e jour pour garantir le maintien de son salaire en arrêt maladie.
L’application de la journée de carence fonction publique territoriale repose sur des dispositions légales précises qu’il convient de vérifier auprès de sa direction des ressources humaines ou de son centre de gestion. Chaque situation administrative étant spécifique, conservez précieusement vos volets d’arrêts et vos bulletins pour faire valoir vos droits en cas d’exonération ou de requalification médicale.
Questions fréquentes
Le jour de carence s’applique-t-il à tous les agents territoriaux ?
Il s’applique obligatoirement aux fonctionnaires titulaires, stagiaires et aux contractuels de droit public ayant au moins 4 mois d’ancienneté. Les salariés en contrat de droit privé comme les apprentis en sont exclus et relèvent du code du travail.
Combien de jours de carence sont appliqués dans la FPT ?
Le droit en vigueur fixe le délai à 1 seul jour non rémunéré par congé de maladie ordinaire. L’agent public perçoit le maintien de sa rémunération dès le deuxième jour d’arrêt prescrit.
Quels éléments de rémunération sont retenus le premier jour d’arrêt maladie ?
La retenue d’un trentième frappe le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, la NBI et les primes de fonctions. Le supplément familial de traitement, les frais et les avantages acquis restent maintenus.
Comment éviter un nouveau jour de carence en cas de prolongation d’arrêt ?
La reprise du travail entre deux arrêts pour une même cause ne doit pas excéder 48 heures calendaires. Le médecin prescripteur doit impérativement cocher la case prolongation sur le certificat.
Le jour de carence s’applique-t-il en cas d’affection de longue durée (ALD) ?
Pour une même ALD, la carence ne s’applique qu’une seule fois sur une période de 3 ans calculée de date à date. Les arrêts suivants liés à cette même pathologie sont rémunérés dès le 1er jour.
Les contractuels de moins de 4 mois sont-ils concernés par le jour de carence ?
Ces agents ne bénéficient pas d’un maintien de traitement par leur collectivité employeur. Ils sont placés en congé sans traitement et relèvent uniquement des indemnités de la Sécurité sociale après 3 jours de carence.