Article mis à jour le 23 juin 2026.
Entrée en vigueur le 1er mars 2025, la loi de finances modifie structurellement l’indemnisation du congé de maladie ordinaire dans la fonction publique. Vous avez de la fièvre et votre médecin vous prescrit quelques jours de repos. Jusqu’ici, votre fiche de paie restait intacte après le jour de carence. Ce n’est plus le cas aujourd’hui. Cette nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire rebat les cartes de la protection sociale des agents publics.
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L’essentiel en 30 secondes
Depuis le 1er mars 2025, un fonctionnaire en arrêt maladie ordinaire ne touche plus que 90 % de son traitement, et perd toujours son jour de carence. Voici ce que ça change pour vous.
– 10 % sur votre salaire dès le 1er jour
Le traitement indiciaire tombe à 90 % pendant les 3 premiers mois d’arrêt, puis à 50 % les 9 mois suivants.
Une double peine, pas une seule
Le jour de carence reste intégralement non payé et vient s’ajouter à la baisse de 10 %.
Contractuels aussi concernés
Le décret du 27 février 2025 étend la réduction aux agents contractuels de droit public, selon leur ancienneté.
Ce que vous gardez à 100 %
Le Supplément Familial de Traitement et l’Indemnité de Résidence ne sont pas touchés par la baisse.
Ce qui change concrètement sur votre fiche de paie avec cette nouvelle loi sur les arrêts maladie des fonctionnaires
Le cadre légal a basculé au début de l’année. L’article 189 de la loi n°2025-127 du 14 février 2025 modifie en profondeur le Code général de la fonction publique. L’article L822-3 du Code général de la fonction publique, dans sa version issue de cette réforme, fixe les nouveaux taux. Avant, un agent malade conservait l’intégralité de son traitement indiciaire pendant trois mois. Aujourd’hui, la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire impose une rigueur budgétaire stricte.
💡 À retenir :
Depuis le 1er mars 2025, le fonctionnaire perçoit 90% de son traitement, contre 100% auparavant (une époque où il était garanti de toucher 100 % de son salaire en arrêt maladie), pendant les 3 premiers mois du congé de maladie ordinaire, puis 50% les 9 mois suivants.
Cette baisse s’ajoute au maintien du jour de carence. Vous subissez donc une double peine financière lors de vos absences. Le jour de carence vous ampute d’une journée entière de salaire, et les jours suivants sont rabotés de 10 %.
Le traitement de base encaisse le choc, mais vos avantages annexes réagissent différemment à cette réforme.
L’impact direct sur le régime indemnitaire et les primes
La paie d’un agent public ne se limite pas à son indice. La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire fragmente le maintien de votre régime indemnitaire selon la nature de chaque prime.
- La Nouvelle bonification indiciaire : Elle suit exactement le sort du traitement principal. Vous touchez 90 % de cette bonification les trois premiers mois, puis la moitié.
- L’Indemnité de résidence et le Supplément familial : Ces aides liées à votre situation personnelle sont sanctuarisées. Vous conservez 100 % de ces montants.
- Les primes locales et indemnités spécifiques : Leur maintien dépend des délibérations de votre collectivité ou de votre hôpital. En application du principe de parité, ces délibérations ne peuvent pas être plus favorables que les règles applicables aux fonctionnaires de l’État, pour lesquels les primes et indemnités sont maintenues dans les mêmes proportions que le traitement (90 % pendant 3 mois, puis 50 %).
Mises en situation : simulations de perte de salaire selon la durée de l’arrêt
La théorie juridique manque souvent d’impact visuel. Traduisons ces pourcentages en euros pour comprendre la réalité du terrain. Prenons l’exemple de Thomas, un agent positionné sur la grille indiciaire de catégorie C. Son traitement indiciaire brut s’élève à 2000 euros par mois.
Scénario pour une grippe de cinq jours. Thomas reste au lit du lundi au vendredi. Le premier jour déclenche son délai de carence. Il perd la totalité de son salaire quotidien. Les quatre jours suivants, son traitement tombe à 90 %. Au lieu de perdre une seule journée de salaire comme l’année dernière, il ampute son budget d’une journée entière, plus 10 % sur le reste de la semaine.
Scénario pour une entorse d’un mois. Considérons la situation de Thomas face à une chute dans les escaliers. Il s’arrête 30 jours complets. Le premier jour reste à zéro euro. Les 29 jours suivants sont payés à 90 %. Sur un mois complet, la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire lui fait perdre facilement plus d’une centaine d’euros nets, une somme qu’il peut chiffrer avec exactitude en sachant estimer son point d’indice net.
Ces calculs démontrent la mécanique implacable de la réforme. Consultez impérativement votre service des ressources humaines pour obtenir une simulation de paie personnalisée et exacte.
Les exceptions médicales : quand conservez-vous le plein traitement ?
Face à cette baisse de revenus, de nombreux agents cherchent des dérogations légales. La réalité des textes est pourtant très stricte. Le congé de maladie ordinaire subit la coupe des 10 %, sans distinction de pathologie bénigne ou sévère.
🚨 Avertissement / Exception :
Aucune exception générale au taux de 90 % n’est prévue pour le congé de maladie ordinaire classique. Seuls les accidents de service ou les maladies professionnelles échappent à cette règle.
Voici comment se répartit l’indemnisation selon la nature exacte de votre absence médicale, d’après les informations publiées sur Service-public.fr. Notez que le congé de maladie ordinaire ne couvre que votre propre état de santé : si vous devez vous absenter pour vos enfants, ce sont d’autres règles qui s’appliquent, comme celles qui encadrent les jours d’absence pour enfant malade dans la fonction publique.
| Type de congé médical | Niveau de rémunération garanti |
|---|---|
| Congé de Maladie Ordinaire | 90 % pendant 3 mois, puis 50 % |
| Accident de service / Maladie professionnelle | Plein traitement maintenu à 100 % |
| Congé de longue maladie | Règles spécifiques dérogatoires |
Agents contractuels : l’application du principe de parité
Les fonctionnaires titulaires ne sont pas les seuls ciblés par Bercy. Le décret n°2025-197 du 27 février 2025 aligne brutalement le sort des agents contractuels de droit public. Le principe de parité s’applique de plein fouet dans toutes les administrations.
Si vous êtes contractuel, la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire ampute également votre rémunération. Toutefois, la protection dont vous bénéficiez dépend directement de votre ancienneté dans les services publics.
💡 À retenir :
La durée à 90% pour les contractuels varie selon l’ancienneté. Vous y avez droit 1 mois après 4 mois de service, 2 mois après 2 ans, et 3 mois après 3 ans de service.
Votre employeur public verse un complément de salaire. Ce complément s’ajoute aux indemnités journalières de la Sécurité sociale pour atteindre le nouveau plafond strict de 90 %.
La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire est une réalité comptable incontournable depuis le 1er mars 2025. Le passage à 90 % du traitement indiciaire lors des trois premiers mois d’arrêt exige une véritable anticipation financière de votre part. La perte de revenus devient systématique dès le deuxième jour d’absence, venant s’ajouter au délai de carence. Cette anticipation passe aussi par une bonne maîtrise de votre calendrier de paie, surtout dans la fonction publique hospitalière où les dates de versement obéissent à un rythme précis. Rapprochez-vous systématiquement de votre Direction des Ressources Humaines pour faire évaluer votre situation. Seuls vos gestionnaires de paie détiennent les paramètres exacts de votre corps d’appartenance et de vos primes locales pour chiffrer votre reste à vivre mensuel.
Questions fréquentes
La baisse à 90 % s’applique-t-elle si je suis en Affection de Longue Durée (ALD) ?
Oui. L’Affection de Longue Durée est une reconnaissance de la Sécurité sociale. Si votre arrêt est administrativement classé en congé de maladie ordinaire, le taux de 90 % s’applique : l’article L822-3 du Code général de la fonction publique ne prévoit aucune distinction selon la pathologie.
Comment est calculée la retenue si je suis à temps partiel thérapeutique ?
Le temps partiel thérapeutique est une modalité de reprise aménagée du travail, distincte du congé de maladie ordinaire. Son régime de rémunération obéit à des règles spécifiques. Rapprochez-vous de votre service RH pour une simulation exacte adaptée à votre situation.
Le jour de carence s’applique-t-il en cas de prolongation d’un même arrêt maladie ?
Non. Si votre nouvel arrêt prolonge directement le précédent, ou si vous rechutez dans les 48 heures pour la même affection médicale, le jour de carence n’est pas prélevé une seconde fois.